微观层次的电子文件管理指的是文件形成机构内的电子文件管理，包括业务层、系统层、支撑层相互依存的层次。
业务层，即电子文件管理活动层。电子文件管理活动在其整生命周期都存在，主要包括电子文件的识别、版本控制、捕获、分类、鉴定、处置、移交、长期保存、检索利用等。但电子文件形成单位与保存管理单位(如档案馆)的电子文件管理业务有所不同。
系统层，指电子文件管理的系统建设工作。包括电子文件形成系统(业务系统)、电子文件管理系统、电子文件长期保存系统的设计或采购、系统实施、系统的维护等，电子文件的管理只有在系统中才能够实现，电子文件管理的业务方法要依赖系统才能实现。
支撑层，支撑层为电子文件管理业务和系统建设提供支撑。其主要工作内容包括做出文件管理规划、建立文件管理制度、设立适合的组织结构以及开展文件管理培训等。
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