关于msms、biopython_residuedepth.py学习

问题：

使用biopython 中 Residuedepth的时候，出现报错：显示未安装msms

1、介绍

（1）MSMS是一种生物信息学工具，全称为Molecular Surface and Molecular Volume from MS。它主要用于计算蛋白质的分子表面积和体积，可用于研究蛋白质间相互作用、药物设计等领域。使用MSMS可以将一个蛋白质的三维结构文件（比如PDB格式）作为输入，经过计算后输出分子表面积、体积以及相关统计数据。MSMS采用的算法是分子表面重建算法，能够高效地处理复杂的蛋白质结构并得到准确的表面积和体积结果。MSMS在生物医学研究中被广泛应用，特别是在药物筛选和分子对接等领域。

（2）Residue Depth是一种用于计算蛋白质残基深度的程序。它可以将一个蛋白质的三维结构作为输入，计算并输出每个残基的深度值。残基深度是指一个残基到最近表面点的距离，用来描述蛋白质的内部和外部结构特征。Residue Depth是一种较新的方法，与传统的测量表面积和体积的方法相比，更加准确地反映蛋白质结构的特征，并有助于研究蛋白质功能和相互作用。Residue Depth主要用于计算蛋白质的表面积、体积和残基深度等结构特征

在蛋白质中，最近表面点是指蛋白质分子表面上距离一个给定残基最近的点。这个点通常被认为是代表了蛋白质分子与其周围环境之间的边界。

残基深度是指一个残基到最近表面点的距离，也就是沿着蛋白质分子内部走过去遇到的第一个表面上的点与该残基之间的距离。残基深度可以用来描述蛋白质内部的空隙大小和形状、残基的暴露程度以及相邻残基之间的相互作用等信息。同时，残基深度还可以用于预测蛋白质的结构稳定性、功能以及在药物设计中的应用等方面。

在pycharm中的应用：

rd=Riducedepth(structure)  structure是从biopython 构建的

 输出包括：

两个值：

ResidueDepth对象的residue_depth属性是一个由两个值组成的元组(absolute_depth, relative_depth)，其中：

• 根据残基内所有原子与分子表面的距离，计算出一个平均值作为残基深度的值 

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